Абаканский учительский институт, на базе которого впоследствии сформировалась система высшего образования Хакасии, ХГУ им. Н.Ф. Катанова, был образован незадолго перед Великой Отечественной войной – осенью 1939 года.
Летом 1941 года завершался второй учебный год института. В первые дни войны добровольцами ушли на фронт заведующий кафедрой педагогики А.Н. Устинов, выпускники С.Ф. Аешин, Н.К.Лаврентьев и другие. Первый выпуск – 79 человек с дипломами учителей неполных средних школ – состоялся в июле 1941 года и почти в полном составе ушёл на войну.
Ушли на фронт многие преподаватели и сотрудники. В результате увеличилась учебная нагрузка на оставшийся коллектив. Институту пришлось перестроить учебную работу в соответствии с требованиями военного времени, пересмотреть учебные планы, внести коррективы в жизнедеятельность преподавателей и студентов. Условия жизни и работы, как студентов, так и преподавателей, были нелегкими. Помимо учебных занятий они выполняли и многие другие, в основном, физические работы, продиктованные условиями военного времени. Так, с 1 июля 1941 г. и в последующие военные годы студенты учительского института работали на строительстве Уйбатского оросительного канала.
Учебный корпус и общежитие учительского института по ул. Хакасской были отданы под госпитали. Студенты днём учились, а после занятий помогали в госпиталях чем могли: ухаживали за ранеными, писали письма родным, выступали с концертами. Госпитали были размещены и в зданиях фельдшерско-акушерской школы (ныне медицинский колледж ХГУ) и педагогического училища (ныне колледж педагогического образования, информатики и права ХГУ).
Следует добавить, что учреждения среднего профессионального образования, ныне входящие в Хакасский госуниверситет, вносили свой вклад. Очень нужный фронту средний медицинский персонал ускоренными темпами готовили в фельдшерско-акушерской школе, более 300 её выпускников сражалось в дальнейшем на фронтах Великой Отечественной войны. Сельскохозяйственный техникум, а ныне сельскохозяйственный колледж ХГУ готовил чрезвычайно востребованных в годы войны механизаторов, агрономов, зоотехников, ветеринаров.
Осенью 1941 года педагогические кадры Абаканского учительского института пополнились за счёт эвакуированных преподавателей московских вузов, в том числе МГУ, что оказало положительное влияние на постановку учебной и научной работы, дало возможность продуктивного обмена научными и методическими идеями. Молодым учёным был представлен пример сбора и изучения местного материала: доктор исторических наук, профессор С.А. Токарев стал изучать историю хакасов по документам государственного архива Хакасской автономной области; кандидат филологических наук, доцент Л.С. Шептаев занялся сбором хакасского фольклора.
Несмотря на тяготы военного времени, Абаканский учительский институт продолжал развитие как образовательный, культурный и научный центр Хакасии – в 1943 году в его структуре было открыто отделение хакасского языка и литературы для подготовки учителей национальных школ. С этого момента хакасский язык и литература становятся предметами учебных курсов, для ведения которых создается кафедра хакасского языка. Её заведующим стал известный тюрколог Ф.Г. Исхаков (в 1940 году Наркомпрос РСФСР командировал его в Красноярский край, во время войны он работал инспектором Хакасского областного отдела народного образования).
Война ещё не закончилась, но уже прогнозировались кадровые потребности послевоенного периода, в том числе в социально-культурной сфере. В плане школьного образования ожидались, с одной стороны, значительный рост контингента учащихся старших классов, а с другой – снижение удельного веса учителей с высшим образованием, связанное в основном с реэвакуацией. Хакасии нужны были свои педагоги. 10 февраля 1944 года Совет Народных Комиссаров РСФСР принял постановление об организации Абаканского государственного педагогического института с факультетами: русского языка и литературы, исторического, физико-математического. Создание педагогического института происходило на практическом фундаменте учительского института.
Осенью 1944 года к занятиям приступило 87 студентов педагогического института, 81 студент первого и 143 студента второго курсов учительского института, в это же время в профессорско-преподавательском составе числилось 26 человек, из них 6 – с учёными степенями.
